- Jefatura Institucional
- Secretaría General - Oficina de Comunicaciones
- Órgano de Control Institucional
- Oficina General de Planeamiento y Presupuesto (Oficina de Planeamiento Estratégico - Oficina de Organización - Oficina de Proyectos de Inversión y Cooperación Externa)
- Oficina de Asesoría Jurídica
- Oficina General de Administración (Oficina de Recursos Humanos - Oficina de Logística - Oficina de Contabilidad y Finanzas - Oficina de Ingeniería, Mantenimiento y Servicios - Oficina de Informática)
- Departamento de Enfermería
- Dirección de Control del Cáncer (Departamento de Promoción de la Salud, Prevención y Control Nacional del Cáncer - Departamento de Epidemiología y Estadística del Cáncer - Departamento de Investigación - Departamento de Educación - Departamento de Normatividad, Calidad y Control Nacional de Servicios Oncológicos)
- Departamento de Medicina (Departamento de Oncología Médica - Departamento de Oncología Pediátrica - Departamento de Especialidades Médicas - Departamento de Medicina Crítica)
- Dirección de Cirugía (Departamento de Cirugía en Cabeza y Cuello - Departamento de Neurocirugía - Departamento de Cirugía en Mamas y Tejidos Blandos - Departamento de Cirugía en Torax - Departamento de Cirugía Ginecológica - Departamento de Cirugía de Abdomen - Departamento de Cirugía Urológica - Departamento de Especialidades Quirúrgicas - Departamento de Anestesia, Analgesia, Reanimación y Centro Quirúrgico)
- Dirección de Radioterapia (Departamento de Radioterapia - Departamento de Medicina Nuclear)
- Dirección de Servicios de Apoyo al Diagnóstico y Tratamiento (Departamento de Patología - Departamento de Radiodiagnóstico - Departamento de Atención de Servicios la Paciente - Departamento de Farmacia)