Dirección de Control de Cáncer

-Dirección General de la Dirección de Control del Cáncer

-Departamento de Promoción de la Salud, Prevención y Control Nacional del Cáncer

-Departamento de Epidemiología y Estadística del Cáncer

-Departamento de Normatividad, Calidad y Control Nacional de Servicios Oncológicos 

-Departamento de Investigación

-Departamento de Educación

Dirección de Cirugía

-Dirección General de la Dirección de Cirugía
-Departamento de Especialidades Quirúrgicas
-Departamento de Cirugía en Tórax
-Departamento de Cirugía Ginecológica
-Departamento de Cirugía en Cabeza y Cuello
-Departamento de Cirugía Urológica
-Departamento de Cirugía en Mamas y tejidos Blandos
-Departamento de Neurocirugía
-Departamento de Cirugía en Abdomen
-Departamento de Anestesia, Analgesia, Reanimación y Centro Quirúrgico

Dirección de Servicio de Apoyo al Diagnóstico y Tratamiento

-Dirección General de la Dirección de Servicios de Apoyo al Diagnóstico y Tratamiento
-Departamento de Patología
-Departamento de Radiodiagnóstico
-Departamento de Atención de Servicios al Paciente

Dirección de Medicina

-Dirección General de la Dirección de Medicina
-Departamento de Especialidades Médicas
-Departamento de Oncología Médica
-Departamento de Medicina Crítica
-Departamento de Oncología Pediátrica

Dirección de Radioterapia

-Dirección General de la Dirección de Radioterapia
-Departamento de Radioterapia
-Departamento de Medicina Nuclear